a ver, a ver, me has perdido, quieres ejecutar un exe en el servidor y que te envie informacion, o enviar informacion a un php y que sea devuelto a un exe??
la verdad me quede perdido, ahora lo que sucede es que en .NET existe algo llamado Web Services, que es un servicio web y lo puedes utilizar en un EXE, en este servicio defines tus funciones y que debe devolverte de la base de datos, ahora ojo, que la verdad podria asegurar que en Linux no existe ni de chiste como implementar uno de esos (para variar siempre nos quieren restringir a microsoft) ahora, por el otro lado, conozco a alguien que en un HTML ejecuta un EXE para enviarle un mail especifico, no se si te sirva tambien.