El funcionamiento en KDevelop es generalmente:
- ir a menú proyecto
- crear un proyecto por plantilla (si usas kdevelop3 veras que hay muchas, si usas el 4 no hay tantas

)
- luego cuando tienes el proyecto creado ya lo puedes usar, puedes probar de compilar el proyecto para asegurarte.
- depende del buildtool que hayas escogido (cmake, autotools, etc) puedes tener problemas variopintos, yo te aconsejarÃa que aprendieras a usar QMake o CMake primero, asi las veras venir. Y lo que es autotools... lo dejarÃa como magia negra.
Respecto a usar la linea de comandos, tengo ciertas dudas respecto a lo que tu consideras simple. llamar gcc no escala en ningún sentido, además te olvidarás de parametros muy fácilmente y te puedes volver una persona violenta.
Escribir tus propios Makefiles no es fácil, es más facil crear ficheros para qmake o cmake, imho. supongo que va a gustos.
Para llamar a make, no es "make fichero" es make a secas y ya se llamara solo el Makefile. si quieres correr uno en concreto es make -f fichero.
Si tenéis cualquier duda sobre KDevelop, podéis pasaros por el canal #kdevelop en freenode o reportarlo en bugs.kde.org.
Saludos!