Si, tienes raz?n, la soluci?n fue una chorrada, simplemente hay que quitar las comillas dobles y sustituirlas por unas simples, as?.
<script type="text/javascript">
<!--
if (navigator.appName == "Microsoft Internet Explorer") {
document.write('<link href="/Includes/estilos_IE.css" rel="stylesheet" type="text/css" />'); }
else {
document.write('<link href="/Includes/estilos.css" rel="stylesheet" type="text/css" />'); }
//-->
</SCRIPT>
Como ya se utilizan las comillas dobles en el href, hay que utilizar las simples.