Si el programa te pone un archivo js aparte, en el c?digo de la p?gina incluir? la llamada al archivo. No tienes que preocuparte de eso. Cuando subas la p?gina asegurate de que subes todos los archivos (htm, html,js,gif,jpg...) respetando el orden de los directorios si los hubiere y ya est?.

Otra cosa es que la forma en la que lo hace el programa sea la mejor. Para cambiar de color unos botones, por ejemplo, que es lo que comentas que quieres hacer, yo no usar?a javascript, usar?a CSS (Hojas de Estilo en Cascada). Primero, porque es lo correcto (los colores de los botones forman parte del dise?o y deben ir en la hoja de estilo) y segundo porque queda m?s limpio, no da esos errores de botones que no se "apagan" al apartar el rat?n o varios botones "encendidos" al mismo tiempo.

Aparte, como para cada bot?n te haga un js, vaya desperdicio de c?digo. Todos esos programas (unos m?s y otros menos, pero todos) dejan c?digo basura en la p?gina y son un desastre si buscas compatibilidad con todos los navegadores.

Te aconsejo que aprendas HTML que es muy f?cil y te olvides de esos programas.