Cuando usas el m?todo window.open de javascript para abrir la ventana nueva puedes indicarle con los par?metros top y left a cuantos pixels de la parte superior e izquierda respectivamente de la pantalla del usuario quieres que aparezca. Hacerla aparecer siempre en el centro de la pantalla tiene truco. Mediante screen puedes obtener las medidas de la pantalla del usuario.

Ejemplo:
 
Usar popups es, en general, mala idea: presentan problemas de accesibilidad, si el navegador no tiene javascript o lo tiene desactivado no funcionan, casi todo el mundo tiene ya popup-blockers... y adem?s los buscadores no siguen los enlaces que contienen scripts, con lo que el contenido no queda indexado. Piensa si no hay una manera mejor de hacer lo que quieres.