No sé si será un problema que responda a mensajes antiguos, como sucede en otros foros, pero es que mi pregunta está tan relacionada con este tema que me parece redundante abrir otro hilo:
Si te refieres a esos programas que sirven para bajarse webs completas, tranquilo, que s?lo bajan el html resultante y las im?genes, no los ficheros de la aplicaci?n que los genera. Tu c?digo no es visible, salvo que desconfigures el servidor web para que ofrezca los archivos php como texto plano.
Ahora mismo no tengo Linux disponible para hacer la prueba por mi misma

pero imagino que si conozco el nombre de un archivo sensible y su ubicación podrÃa usar wget para descargarlo ¿no?
Lo cual me lleva a pensar que quizá fuece mejor meter ese tipo de archivos en un subirectorio y protegerlo mediante .htacces, o siguiendo con la paranoia, darles nombres poco convencionales... Por ejemplo, si la aplicación fuece pequeña y solicite el contenido a una base de datos, y por lo tanto los archivos PHP sean tan pocos que no valga la pena clasificarlos en subdirectorios.
A todo esto, me encontré con que Google indexa aquellos archivos en PHP que no escriben el HTML mediante echo o print, aún cuando el contenido dependa de parámetros enviados por la URL, asà que escribà un robots.txt, pero me quedó la duda de si indexara los PHP con puro PHP, como un archivo de configuración. Por supuesto, eso serÃa tan inutil como indexar los CSS ¿no?