Si es un buen consejo ya que incluso si no soporta un sistema de fichero y lo tiene que mover en bloque al menos lo gestiona mejor.
Si lo que pretendes es copiar una partición de un disco a otro con
http://gparted.sourceforge.net/ te permitirá copiar la partición del disco origen al destino, luego el arranque ya depende de que sistema operativo tienes, Si no necesita de un gestor de arranque seleccionas partición primaria y bootable (son flags) de forma que remodifique el MBR (Master Boot Record).
Caso de ser linux siempre una vez copiada exitosamente la partición puedes utilizar supergrubdisk. Con gparted además te será posible particionar el resto del espacio libre y posiblemente redimensionar la partición a tu gusto.
Con clonezilla el resultado suele ser bueno ya que incluso puedes crear una imagen del disco y luego restaurarla que serÃa el equivalente a clonarla (te permite guardar todo el sistema de arranque y configuración de particiones) está bastante bien.
Seguramente te encuentres con opciones del tipo:
device-image disk/partition to/from image
device-device disk/partition to disk/partition
Te lo vas a encontrar en formato texto no te esperes una presentación gráfica espectacular (si fuese del estilo de gparted serÃa estupendo pero no lo he visto en modo de flontend en ninguna distro).
El hecho de recurrir a utilidades de este estilo es porque en los sistemas de ficheros que soportan pueden utilizar compresión al generar una imagen de disco/particiones, o por ejemplo no copiar sectores que están vacios y que simplemente de esta forma los genera en el destino ahorrando un tiempo considerable en las transferencias y de almacenamiento en el caso de imágenes.
Es aconsejable chequear las particiones antes de un clonado para evitar sorpresas como que todo el proceso de copia se interrumpa por encontrar errores en el sistema (por ejemplo los que se suelen generar al apagar un equipo sin desmontar un volumen ordenadamente).
Un saludo.