Primero de todo decir que los tiempos cambian y las versiones más modernas ya no las controlo mucho, hace poco tuve una versión nueva en mis manos y tan pronto como llegó la deje de nuevo en su cajita.
Clonezilla si te permite salvar el MBR, a decir verdad es que no se cuantos sectores ocupará un grub y por mucho que busque en internet no se si obtendrÃa la respuesta.
Si se trata de una versión del tipo ghost 2003 supongo que creando una imagen del tipo entire disk to image o similar deberÃa incluir el sector de arranque que deberÃa funcionar sin problemas siempre que restaures en el mismo disco, en otro diferente con geometrÃa también distinta quien sabe.
Con ghost suele venir la utilidad gdisk y recientemente gdisk32 te puede venir bien para MBR de esos persistentes que no se borran y dan problemas (os recuerdo que hay setups que os permiten indicarle a la BIOS que el sector de arranque se quede indeleble....o sea que no se borre con software, si es asà y vuestra intención es que permanezca asà puede ser buena idea dejarlo activo, caso contrario que sepais que si tenéis linux e instaláis win tocará dicho sector de arranque

A tu pregunta más en concreto he encontrado esto (parámetro ia)
http://norton.lithium.com/norton/board/message?board.id=other&thread.id=2874Aunque se que buscas la solución más dentro de la aplicación lo cual siempre está bien y Norton Ghost es un producto excelente, siempre que sea utilizando un batch desde DOS puede que con la utilidad testdisk te ayude.
Adicionalmente por si le puede venir bien a alguien he encontrado esta otra que tiene buena pinta:
http://www.dimio.altervista.org/Se llama HDHACKER (seleccionar la banderita en inglés para entrar) en principio puede parecer una chorrada pero hasta para salvar los sectores correctos hay que tener arte y además buen gusto con la presentación de la utilidad

Una alternativa más (la he encontrado inicialmente en la web de starman
http://mirror.href.com/thestarman/asm/mbr/MBRWiz.htmlque en temas de boot tiene muchÃsima información) y luego buscando un poco más a un site que permite su descarga (de los pocos).
http://www.mbrwizard.com/ Tiene versiones tanto para win como para dos, permitiendo esté última la automatización de un save / restore por tanto.
Siempre viene bien tener a mano supergrub disk o recientemente auto supergrub disk.
Antes (ahora no se si aún lo siguen vendiendo) existÃa el bootmagic que es lo más parecido al grub/lilo con splash image. Le daba un toque profesional al arranque, se le podÃa poner una imagen de fondo corporativa (creo que era un bmp de 16 colores), permitÃa de forma sencilla cambiar los atributos de las particiones (como arrancable, oculta....)., o poner iconos (formato ico) del sistema operativo a arrancar.