Buenos días, seguramente es por un virus, primeramente debes contar con el mejor antivirus del mundo, actualizado a la fecha, despues  cuando conectas el pendrive a la maquina (en windows) este le asigna una letra a la unidad en esta caso diremos que es D escaneas con tu super antivirus la unidad de almacenamiento y cuando termine, ( probablemente encontrara alguno que otro bicho, ya que windows cuenta con algunos jaja ) fijate que virus tenias o tal vez solo sea el remanente ( solo oculto los archivos) que te dejo un virus de otra maquina, a continuacion has un win+r (telca de windows + la tecla r) escrbe CMD y un enter, debera aparecerte una pantalla negra (consola o simbolo de sistema como dicen en windows) ahy deberas entrar a la unidad D ( que fue la que el OS le asigno a tu unidad de almacenamiento) despues escribes:

attrib /d /s -h -r -s *.*

con un enter dependiendo de cuantos datos tengas guardados en tu unidad tardara, al finalizar solo te mandara el promt de la unidad D, y listo escribes "exit" enter y ya puedes ver los archivos, te sugiero que actives ver todos los archivos y carpetas ocultos del sistema y también que desactives la opción mostrar extensiones para archivos de tipos conocidos, ya que esta por default dentro de propiedades de carpeta en la ficha ver, y asi tener un "mejor" control de tus archivos en windows espero te sirva


saludos.