Es un ladrillo pero si tienes paciencia a lo mejor sacas algo en claro, yo no lo utilizo porque el almacenamiento lo tengo en una unidad aparte de la de sistema. Los mapeos los hago por logon script de forma simple con net use X: \\servidor\compartido\user1 , ya sabes que igualmente les puedes poner otra orden para autoinstalar impresoras si están en un servidor de impresión  , ventajas de tenerlos en un dominio como es tu caso.

http://www.microsoft.com/technet/scriptcenter/topics/win2003/quotas.mspx

Otra opción que recuerdo haber oído alguna vez es la siguiente aplicación:

http://www.codework.com/quotaserver/

Las cuotas son una solución muy buena al crecimiento desmesurado del contenido de las carpetas de usuario y más si luego tienes que hacer backup de cosas inútiles.
Al igual que en las carpetas de disco también se puede limitar el tamaño del buzón de correo en Exchange, dos medidas muy recomendables.

Un tema muy interesante para un administrador es el tema de los scripts de los cuales si alguna vez tengo tiempo libre me pondré a estudiar ya que por ahora hago poquilla cosa para pequeñas soluciones, mira por "Windows Script" en la web de MS, puedes descargar la versión 5.6 / 5.7.

http://www.microsoft.com/technet/scriptcenter/scripts/kixtart/default.mspx?mfr=true

Otra opción:

http://www.kixtart.org/

Si la ventaja de las unidades de red para grupos de trabajo es que las compartes para x usuarios, luego en seguridad también les das los derechos oportunos y a partir de ahí es quitar y poner usuarios. Para las carpetas personales crearlas es más o menos sencillo lo peor lo que tu dices los permisos que tienen que ser exclusivos de un usuario normalmente e ir uno a uno ....es un rollo.
Por cierto ¿has probado a hacer \\servidor desde una distro de linux? te lista todos los recursos administrativos $ c$ ....